Очень скоро капитан Беляев убедился, что конвойная служба на Черноморском флоте плохо организована, отчего гибло большое количество транспортов. Кроме гибели парохода «Ленин» с огромным количеством людей, теплохода «Армения», «Аджария», госпитальных судов «Абхазия», «Чехов», транспортов «Коммунист» и «Чапаев», ушли на дно и многие другие суда.
Капитану Беляеву было присвоено военное звание капитан-лейтенант, часть экипажа (мужчины) были мобилизованы, теплоход окрашен в защитный цвет и на флагштоке взвился военно-морской флаг. Кроме того, на палубе теплохода было установлено пять 45-мм полуавтоматических пушек и два крупнокалиберных пулемёта ДШК. После гибели «Армении» с основным составом флотских квалифицированных медработников (7 ноября 1941 года), «Сванетия» была укомплектована почти сплошь студентами старших курсов медицинских институтов, которые в условиях войны быстро обрели хорошую медицинскую сноровку и практику и неплохо справлялись со своими обязанностями. Для «Сванетии» наступил новый период, полный тревоги и опасностей. Теплоход стал военным транспортом Черноморского флота.
29 марта 1942 года «Сванетия» в охранении лидера «Ташкент», а также эсминцев «Незаможник» и «Шаумян» доставили из Новороссийска в Севастополь 570 человек (две маршевые роты), 36 тонн боезапаса, 740 автоматов ППШ, 86 тонн боезапаса для авиации флота, 160 тонн взрывчатки для Приморской армии, 7 тонн детонаторов, 346 тонн продовольствия и 50 тонн фуража.
Только после того, как Черноморский флот понёс большие потери от налётов авиации Геринга, командующий ЧФ контр-адмирал Ф. С. Октябрьский издал запоздалый приказ: «Корабли конвоя при движении с караваном уходят от транспортов на дистанцию до 10 кабельтовых. Предупреждаем всех командиров кораблей, что подобные действия граничат с преступлением…»
В апреле 1942 года «Сванетия», взяв на борт 191 т боезапаса, 682 т продовольствия для осаждённого Севастополя и более 150 человек бойцов и командиров, благополучно прибыла в осаждённый Севастополь. Город обстреливался и систематически подвергался налётам бомбардировочной авиации. Поэтому разгрузка и погрузка шли усиленными темпами в течение всего дня. Капитану Беляеву доложили, что на борт уже принято 240 человек тяжелораненых, 354 кавалериста 154-го кавполка, отправляемых в тыл для переформирования и отдыха, 50 человек эвакуированных, 10 рабочих морзавода, 65 человек военнослужащих различных рангов, в том числе были и морские лётчики, следовавшие за получением новых самолётов. Всего с экипажем — более 900 человек.
Затем последовал срочный приказ из штаба Севастопольского оборонительного района к 21.00 закончить все погрузочные работы и быть готовым к выходу в Новороссийск.
Свидетельствует штурман «Сванетии» Г. Я. Кухаренко: «Когда мы прибыли на корабль, народу было так много повсюду, что вахтенной службе пришлось расчищать проход, чтобы дать возможность нам добраться до штурманской рубки: все помещения, коридоры, трапы, частично даже верхние палубы были заняты тяжелоранеными бойцами и эвакуированными. Сколько их было на борту — тысяча, а может, полторы тысячи или того больше — никто не знал…»
Капитан Беляев сразу побледнел и осунулся, когда узнал перед самым отплытием, что перегруженную сверх всякой меры «Сванетию» будет сопровождать лишь один эсминец «Бдительный».
Первым, согласно строгому флотскому правилу, из широкой Южной бухты Севастополя вышел эсминец «Бдительный», а за ним отправилась в свой последний рейс «Сванетия».
В 7 часов 24 минуты вахтенные доложили, что на северо-западе наблюдают самолёт-разведчик противника. В 14.00 на высоте 3000 метров показался первый бомбардировщик, а вскоре — восемь «Хейнкелей-111» и четыре «Юнкерса-88». Они зашли со стороны солнца и энергично атаковали теплоход. Капитан всё время менял курс, описывал циркуляцию или стопорил машины, и бомбы, обдавая теплоход дождём брызг, рвались за кормой или у бортов. В первый заход насчитали 48 разрывов и только одна «зажигалка», угодив прямо в трубу, разворотила её и, рикошетом чиркнув по шлюпочной палубе, улетела за борт.
Зенитчики «Бдительного» и «Сванетии» стреляли неплохо, заставляя бомбардировщики и торпедоносцы сворачивать с боевого курса. Один «юнкерс» загорелся и упал в море, а другой, видимо подбитый, стал терять высоту и скрылся.
Сделав ещё несколько заходов, бомбардировщики ушли и, как полагал капитан Беляев, ненадолго, дабы вернуться с новым грузом бомб, до наступления темноты. Из-за слабого охранения теплоход получил множество повреждений разного характера.
В 15 часов 55 минут с западного сектора на горизонте показались самолёты. С каждой минутой характерный гул моторов усиливался и скоро поступил доклад: сзади по правому борту девятка торпедоносцев «Хейнкелей-111»!
Самолёты шли на предельно малой высоте. Разделившись на три группы, они развернулись и легли на боевой курс. Первые восемь торпед были сброшены с высоты 30–40 метров на расстоянии 6–7 кабельтовых и стоявшие на мостике люди видели, как одна из торпед вошла в воду под тупым углом и от удара о воду взорвалась.
— Рулевой, правый коордонат! — выкрикнул Беляев, и опытнейший старший рулевой Куренков бешено стал вращать штурвал. Всё, что не было закреплено, по инерции полетело за борт. Те, кто был на палубе, хватались за поручни. Лёжа в крене, «Сванетия» выписала немыслимую кривую, и торпеда прошла мимо в каких-то 4–5 метрах. Куренков успел уклониться ещё от четырёх торпед, но последние две угодили в носовую часть судна. Последовало два последовательных мощнейших взрыва. Капитал Беляев успел взглянуть на часы — было 16.10. Нос «Сванетии» подпрыгнул и почти сразу образовался дифферент на нос и крен на левый борт.
И тут началось самое страшное: паника обезумевших от страха людей! Краснофлотцы боцманской команды Данченко и Воронов сумели спустить на воду лишь две шлюпки. Неожиданно появившиеся на кренящейся палубе кавалеристы, не имевшие понятия о механике спуска шлюпок на воду, выхватили шашки и в мгновение ока перерубили первые попавшиеся на глаза блоки (лопаря), удерживающие шлюпки, и они, сорвавшись вместе с людьми, полетели за борт, переворачиваясь или разбиваясь о воду. Люди страшно кричали.
Крен судна быстро увеличивался. Зенитки продолжали вести огонь, и один из атакующих торпедоносцев, зацепив крылом воду, взорвался. Капитан Беляев дал команду в машинное отделение: «Задний ход!» Почти сразу его швырнуло новым взрывом на шлюпочную палубу и он потерял сознание. «Сванетия» медленно погружалась под грохот зениток и крики людей.
Свидетельствует штурман Г. Я. Кухаренко:
«Через десять минут после попадания торпед вода на судне поднялась почти до штурманской рубки. Из-за большого крена стало невозможным спустить на воду шлюпки по правому борту. Люди метались, хватаясь за что попало, отчаянно крича и взывая о помощи. Особенный ужас был написан на лицах тех, кто не умел плавать…
С помощью старшего рулевого Куренкова мы чудом отыскали среди этого орущего хаоса капитана Беляева и кавторанга Андреуса, командира санитарных транспортов, и оттащили их на спасательный плот… Вместе с командиром БЧ-4 Чайкиным мы бросились в воду и попытались отплыть подальше в сторону. Слышно было, как стучали крупнокалиберные пулемёты — это не прекращали вести огонь наши матросы. Вдруг они разом смолкли. Мы обернулись. Корма „Сванетии“ поднялась высоко над водой. С неё беспорядочно сыпались люди… Так, под крики людей и рёв гудка „Сванетия“ быстро стала уходить под воду, накрыв своим корпусом сразу три шлюпки. Образовалась большая воронка и многих людей засосало под воду… Всего сумели подобрать лишь 61 человека, в том числе и меня…»
Согласно архивным документам, «Сванетия» держалась на плаву лишь 18 минут. Известны координаты её гибели: 43 градуса 00 минут северной широты, 36 градусов 55 минут восточной долготы. Глубина 150 метров…
Командир эскадренного миноносца «Бдительный», начав бой с атакующими «Сванетию» и его самого самолётами противника, постепенно удалился за горизонт. Вернулся он к месту гибели теплохода лишь через два часа. С поверхности моря был подобран только 61 человек, из которых 18 скончались от переохлаждения.